近年來全球通訊設備及服務市場的大幅成長，加上無線通訊技術與系統的快速進步，行動電話、固網、衛星通訊、無線與個人區域網路等電信產業在國內乃至全球蓬勃發展。通訊工程研究所成立於民國95年，主要目標為訓練學生具有獨立思考、創新設計及實作能力，以配合國家經濟與科技潮流發展所需。以培育通訊系統、無線通訊、高頻元件、通訊訊號處理、數位訊號處理、無線通訊與網路…等領域之研發設計高級工程人才為職志。
本所課程著重於「積體電路」與「通訊技術」兩大領域，並配合台南科學園區之發展重點，積極培養更多具相關專業知識的研究生並提昇研究水準，與相關產業建立產學合作關係，使研究與產業互相結合。
研究領域
1. 通訊系統 2. 無線通訊 3.行動通訊 3. 射頻電路設計 4. DSP 5. RF IC設計 6. 天線、微波工程
7. 高頻元件 8. 光纖通訊 9. 基頻IC設計 10 數位電視及廣播 11. IPTV 12 網路安全 13.RFID 14 數位家庭 15.感知無線電
16.無線感測網路 17. 通訊IC設計與應用
主要研究實驗室
1. PC-EDA實驗室 2. 通訊積體電路量測實驗室 3. 基礎積體電路設計實驗室 4. DSP實驗室 5. 單晶片系統實驗室 6. 多媒體IC設計實驗室
7. 介面技術實驗室 8. FM電台及數位廣播實驗室9. 光電暨微波元件實驗室 10.微波介電陶瓷實驗室 11.無反射室(天線量測實驗室)
專業師資--教授 4 位、副教授 16 位、助理教授 11 位。
未來發展
通訊系統、無線通訊、無線網路、行動通訊、電信、數位訊號處理、基頻訊號處理、影像處理、視聽電子、射頻/微波/天線/高頻濾波器設計、數位電視廣播系統、IPTV、基頻IC與通訊IC設計與應用、網路與網路安全、數位家庭通等相關產業所需之應用工程師(FAE)
、產品工程師 (PE) 、維護工程師 (ME) 、網路工程師、測試工程師或相關設備銷售與維護等專業人才。